Pulau ini terletak di bagian timur Kepulauan Karimunjawa. Secara geografis, pulau tak berpenghuni ini terletak pada 110o30’24” – 110o30’31” BT dan 5o49’15” – 5o49’23” LS.
Pulau ini dipenuhi pasir putih dan dilengkapi dengan air laut yang jernih. Penduduk Karimunjawa menyebut daratan pasir tanpa vegetasi dengan istilah gosong atau gosongan. Gosong dapat ditemukan memanjang di bagian belakang pulau. Tak dijumpai tanah sedikitpun pada gosong di Pulau Cilik, hanya ada pasir putih yang lembut.
Terdapat sebuah dermaga kayu di tepian pantai yang dibangun sebagai tempat bagi perahu yang hendak merapat. Perairan di bawah dermaga sangat jernih, sehingga akan tampak jelas ragam spesies ikan yang sedang hilir-mudik saat berjalan melintasi atas dermaga.
Dengan kondisi air lautnya yang jernih, perairan di sekitarnya menampakkan sekelompok angelfish atau ikan layaran. Jika menyelam sedikit lebih dalam, akan terlihat terumbu karang penuh warna. Sayangnya, pada bagian tertentu nampak sederetan terumbu karang yang memutih dan mati dikarenakan pengaruh global warming dan naiknya suhu air laut.
Hilangnya alga Zooxanthellae yang bersimbiosis dengan terumbu karang juga mengakibatkan karang perlahan mati. Namun uniknya, hidup serumpun anemon laut yang tumbuh dengan subur. Tak sedikit ada ikan-ikan badut atau clownfish yang bersembunyi di balik tentakel anemon laut di antara terumbu karang yang mati.