Pulau Menjangan Besar memiliki dua kolam penangkaran hiu, kolam pertama berisi ikan hiu berusia muda yang berjumlah sekitar 10 ekor dan kolam kedua berisi ikan hiu usia tua berjumlah 15 ekor. Salah satu jenis ikan hiu yang terdapat dalam wisata Karimunjawa adalah hiu sirip hitam dan hiu sirip putih. Hiu jenis tersebut memilih habitat di perairan dangkal berpasir dan ada yang memilih untuk tinggal di perairan payau dan sungai air tawar.
Ikan Hiu memiliki nama latin yaitu Charcharinus Melanopterus. Ikan hiu sirip hitam ini persebarannya dapat ditemukan di perairan Indonesia bahkan di Pulau Jawa populasinya mudah untuk ditemukan. Ikan hiu sirip hitam ini termasuk ikan hiu perenang aktif 24 jam non-stop yang berarti mereka tidak akan pernah berhenti berenang seumur hidupnya karena dengan berenang tersebut akan membantunya untuk bernafas dan apabila dia berhenti berenang itu sama saja laju pernafasannya juga berhenti.
Tidak semua spesies ikan hiu buas dan ganas seperti tayangan di film. Ada beberapa spesies yang bersahabat dengan manusia, di antaranya hiu Sirip Hitam. Hiu bertulang rawan tersebut mayoritas memiliki daya pandang yang lemah. Penelitian khusus hiu di Jakarta menyebutkan, dari 350 spesies hiu hanya 32 jenis yang menyerang manusia dan jumlahnya hanya sekitar 25 kasus per tahun, sisanya bersahabata dengan manusia. Hiu sirip hitam ini sendiri menduduki peringkat ke 26 terganas di dunia.
Hiu memiliki 3.000 gigi dalam mulutnya dengan komposisi enam hingga 30 baris. Hiu juga dikenal sebagai ikan yang tidak pernah ompong. Sepanjang hidupnya hiu bisa menggunakan lebih dari 20 ribu gigi yang berganti sehari sekali. Giginya sangat tajam, jika tak terpakai akan tanggal. Tapi, beberapa hari kemudian barisan gigi lain akan tumbuh.
Seperti ikan pada umumnya, hiu mempunyai sisik seperti gigi kecil yang disebut dentikel dan berfungsi untuk mempercepat laju renang. Sementara permukaan kulitnya sangat kasar. Konon, zaman dahulu kala masyarakat pantai kerap menggunakan sisik itu sebagai ampelas.
Hiu karang atau Ikan hiu Sirip Putih (Triaenodon obesus) adalah salah satu jenis dari hius yang berkembang biak dengan cara vivipar. IUCN telah menilai hiu karang sebagai ikan dengan kategori hamper terancam, mencatat bahwa jumlahnya yang semakin menipis karena peningkatan tingkat kegiatan perikanan yang tidak diatur di seluruh jangkauan. Tingkat reproduksi yang lambat dan preferensi habitat terbatas spesies ini membuat populasi yang rentan terhadap eksploitasi berlebihan.
Ini adalah hiu berukuran sedang dengan panjang tubuh rata-rata sekitar 1,60 meter. Hiu karang Whitetip ditandai dengan tubuh yang ramping dengan kepala yang luas, yang jelas dikembangkan dan juga kulit flap karakteristik samping lubang hidung, mata oval besar dengan murid vertikal, dan warna putih eponymous dari ujung sirip punggung dan sirip ekor . Ini adalah salah satu hiu yang paling umum di terumbu karang di Indo-Pasifik , dengan area sirkulasi ke barat Afrika dan timur ke pantai Amerika Tengah terakhir. Dia tinggal sebagian besar di air jernih di dekat dasar laut di kedalaman air dari 8 sampai 40 meter.
Hiu merupakan predator yang sering memangsa ikan-ikan kecil, lobster, udang, kepiting, cumi-cumi, dan bahkan ular laut, serta burung. Hiu sebenarnya jarang membahayakan manusia tetapi untuk menjaga keselamatan maka sebelum masuk ke dalam kolam pastikan tidak ada luka di tubuh Anda, karena hiu sangat sensitif dengan bau darah yang dapat membuatnya agresif. Bagi Anda yang ingin menguji adrenalin tempat ini dapat saja berenang bersama hiu-hiu yang jinak. Ini dapat menjadi sensai yang mendebarkan sekaligus mengasyikkan. Anda juga bisa berfoto dengan hiu-hiu dan bintang laut yang ada di dalam kolam tertentu. Bagi Anda yang tidak bisa berenang, tidak perlu kawatir karena tempat penangkaran ini dapat meminjamkan jaket pelampung. Selama Anda melakukan aktivitas dengan hiu-hiu di dalam kolam, petugas penyelamat pun senantiasa berjaga-jaga di pinggir kolam.